Una fuerza misteriosa invade a un hombre llamado Michael Pointer, un asistente de una oficina de correos en Alaska, y se dirige hasta los restos de Genosha, mientras los Nuevos Vengadores tratan de detenerlo. Marvel y Iron Man lo encierran en un campo de fuerza. Cortez acusa a los X-Men del atentado a Magneto y toma su lugar como líder en el Asteroide M. La cápsula/habitación de Magneto cae en la Tierra y el campo magnético de esta le devuelve todo su poder. Utilizando la apariencia de Magneto (y creyendo el mismo que era Magneto), Xorn lleva a cabo un violento ataque contra los X-Men y la ciudad de Nueva York usando incluso hornos crematorios. Xorn organiza a la «Clase Especial» de alumnos del Instituto, que tenía a su cargo y los transforma en una nueva versión de la Hermandad de mutantes diabólicos. Durante la destrucción, Coloso coloca a Magneto en una vaina de escape, enviándolo de regreso a la Tierra.
El Profesor X se ve entonces, forzado a utilizar su telequinesis para expulsar a Magneto de la Tierra. Trabaja también junto con el agente de inteligencia estadounidense Nick Fury, Rogue, así como también un número de operativos rusos, en orden de restablecer la paz en la Tierra Salvaje. Cloak y Dagger fueron elegidos en 2007 como una de las muchas propiedades en el nuevo trato de Marvel para una película Paramount Pictures, junto a Captain America, Nick Fury, Doctor Strange, Hawkeye, Power Pack, Shang-Chi y Black Panther. El Señor Fantástico y Hank Pym hacen una autopsia del cuerpo del Skrull que se hizo pasar por Elektra (con Reed pretendiendo ver el cadáver por primera vez, manteniendo el secreto de los Illuminati). Después de que el lavado de cerebro de Ultrón es invertido, Pym se reúne con los Vengadores como Yellowjacket. En esta realidad alternativa, Bucky muere como lo había hecho en numerosos recuerdos de los Vengadores y Capitán América.
Durante la batalla, Layla puede restaurar los recuerdos de Magneto también, y él confronta a su hijo, enfurecido de que Quicksilver había hecho todo aquello de lo que se le culpaba, en su nombre. Un grupo de héroes logra recuperar sus recuerdos del «mundo real» restaurados por Layla Miller, y se agrupan para atacar a Magneto en Genosha, creyéndolo el responsable de todo. En este punto, él ya es una figura representante de la causa de los mutantes y es buscado por un grupo de nuevos mutantes, los cuales se autodenominan Acólitos. Los Equipos-X se niegan y comienza una disputa. En la primera temporada, episodio 1, «El Camino a Knowhere», cuando Korath le da un mensaje a Thanos sobre una misteriosa caja que es la Semilla Cósmica. Sobre el punto donde queramos ubicar el balazo vamos a poner una pequeña base de gelatina. Enrojece ligeramente el perímetro del presunto balazo con una esponja y vuelve a aplicar una ligera capa de maquillaje negro sobre el círculo central. Una caída desde esa altura lo hubiera gravemente herido o matado si fuera un ser humano ordinario.
Lydia solía ser ingenua con respecto al estado del mundo y siempre pasaba tiempo con su padre, ya que su madre era fría con ella. Magneto finalmente se presenta ante los X-Men en el funeral de Illyana Rasputin, la hermanita menor del x-man Coloso. Él presencia la muerte del joven mutante Cypher y atestigua la aparente muerte de todos los X-Men en televisión nacional en Dallas. Acto seguido, construye una máquina para amplificar sus poderes y chantajear al mundo para crear una nación mutante. Mientras que este camina con Meghan en sus brazos, «Brian» y Meghan caen en una trampa de llena de caminantes. Cuando Magneto confronta a Cortez, pero este usa sus poderes para encerrarlo en su habitación y expulsar la cápsula y dejar así que Magneto se desvanezca en la nada. Con la frase «No más mutantes», Wanda cambia el mundo de vuelta a su forma original y causa la pérdida de los poderes del noventa y ocho por ciento de la población mundial mutante. Pero, el ser, autodenominado El Colectivo llega a Genosha, donde Magneto se encuentra y liberando una gran cantidad de energía, hace que él recupere sus poderes. Su petición fue denegada, y Daryl consiguió en su lugar una nueva ballesta.
Pronto se convirtió en la principal asesina al servicio del primer señor del crimen de la ciudad de Nueva York, disfraz halloween bebe Kingpin. Luego asesina a Oderik para prevenir su verdadera identidad sea descubierta por Sabra y Gabrielle Haller. Hubo cierta confusión en la identidad de este Mysterio hasta que Spider-Man: The Mysterio Manifesto insinuó que era otra vez Daniel Berkhart. Ella clona a Magneto y cuando el clon se encuentra listo, restaura la mente de Magneto hasta la destrucción de Avalon. Los X-Men y los Avengers se reúnene para decidir qué se debe hacer, y cuando algunos miembros sugieren matar a Wanda, Quicksilver, su hermano, corre hacia Magneto para informarle. Magneto lidera la nación por un tiempo con la ayuda muchos aquellos que previamente se le opusieron, incluso Quicksilver, Polaris, y el fundador de los Acólitos, Fabian Cortez. Revive a Quicksilver, diciéndole a Magneto que Quicksilver solo quería que él fuera feliz, pero incluso cuando ella le dio a Magneto lo que él quería, siguió siendo una persona horrible, y los mutantes, unos fenómenos. La muerte de una de ellos a las puertas del Asteroide M es el detonante que provoca que Magneto retome, en parte, sus objetivos. De regreso en Genosha, Magneto cuida de Wanda, permitiéndole solo a Xavier visitarla, con fe en que pudiera ayudarla.